Szósta część mangi - Stone Ocean była wydawana od 7 grudnia 1999 roku do 8 kwietnia 2003 roku. Główną postacią Stone Ocean jest córka Jotaro Kujo - Jolyne Kujo. Kobieta odsiaduje 15 lat więzienia, lecz gdy jej życie jej ojca jest zagrożone przez pupila DIO Jolyne, wraz z innymi więźniami postanawia uciec z więzienia i pokrzyżować plany swojego wroga.